Eine der ältesten mechanischen Tätigkeiten der Zürcher scheint die Müllerei zu sein. 3000 Jahre vor Christus haben Inselbewohner auf dem "kleinen Hafner" (eine Untiefe beim heutigen Bellevue) Reibmühlen aus Stein benutzt. In der unteren Limmat erwarb 1772 Johannes Wehrli eine Mühle, welche schon 1346 in Urkunden erwähnt wurde.

1889/90 entstand am Zürcher Stadtrand die Brauerei Tiefenbrunnen. Die aufwändig gestaltete Backsteinfassade im "Feldschlösschenstil" ist typisch für die Bauten der damaligen Nahrungsmittelindustrie. Die Brauerei Tiefenbrunnen wurde nach 23 Jahren von einem Konkurrenten aufgekauft und eingestellt.

1913 kauften die Müller Wehrli & Koller die Brauereigebäude und liessen eine für damalige Verhältnisse grosse Mühle mit elektrischem Gruppenantrieb einbauen. Die Mühle Tiefenbrunnen war während 70 Jahren nach Bedarf Tag und Nacht in Funktion. 1914 ging aus einer Mühlenverbindung die Mühle Tiefenbrunnen hervor. 1983 wurde die Produktion der Wehrli-Mühle ausgelagert und in den Kanton Luzern verlegt.

Die Getreidesammelstelle Tiefenbrunnen hat ihren Betrieb erst 1998 eingestellt. Seit 1986 wird im Mühlerama in einem Teil der industriegeschichtlich bedeutenden Mühleneinrichtung wieder gemahlen. Mit den Originalmaschinen von 1913 wird heute innerhalb des Museumsbetriebs eine kleine Nischenproduktion von teils biologischem und mehrheitlich lokal angebautem Getreide weitergeführt.